۳. عدم درک مفاهیم لاهوتی قرآن
برخی از شبهاتی که پیرامون قرآن مطرح می‌شود، ناشی از عدم درک مفاهیم لاهوتی قرآن است؛ زیرا قرآن گاه پرده از اسراری برداشته که آدمیان با عقل محدود و با برخورداری از ابزار معرفت مادی قادر به فهم آنها نیستند؛
به عنوان مثال خداوند در آیه «إِنَّا عَرَضْنَا الْأَمَانَةَ عَلَى السَّمَاوَاتِ وَالْأَرْضِ وَالْجِبَالِ فَأَبَيْنَ أَن يَحْمِلْنَهَا وَأَشْفَقْنَ مِنْهَا وَحَمَلَهَا الْإِنسَانُ إِنَّهُ كَانَ ظَلُومًا جَهُولًا.» از عرضه امانت بر آسمان ها، زمین و کوه‌ها و عدم پذیرش آنها سخن به میان آورده است یا در سوره زلزلال «يَوْمَئِذٍ تُحَدِّثُ أَخْبَارَهَا» اعلام کرده است که زمین در روز قیامت گزارش‌ها و اخبار خود را اعلام می‌کند، با صرف نظر از دیدگاه آن دسته از مفسران که این دست از آیات را از باب زبان تمثیل و از نوع زبان نماد دانسته‌اند و با پذیرش حقیقی بودن مفاد آنها که شواهد زیاد بر صحت آن وجود دارد، باید اذعان کرد که فهم چنین معارف بلند و لاهوتی از حوزه فهم و درک آدمیان بیرون است.
در برابر این دست از آموزه‌های قرآن دو راه منطقی وجود دارد:
یک؛ افراد با اقتضای دین داری و اعتمادی که به گفتار پیامبر اسلام| داشته و قرآن را عین گفتار خداوند می‌دانند، از باب تسلیم و تعبد به مفاد آنها باورمند باشند؛ چنان که رفتار عموم دین داران در چنین مواردی از این نوع است. پیداست که آنان باور دارند روزی هر چند پس از مرگ باشد، تمام حقایق لاهوتی قرآن شهود خواهد شد: «لَقَدْ كُنْتَ فِي غَفْلَةٍ مِنْ هَذَا فَكَشَفْنَا عَنْكَ غِطَاءَكَ فَبَصَرُكَ الْيَوْمَ حَدِيدٌ»
دو؛ افرادی اهل سلوک و ریاضت باشند و در اثر صفا و پیراستگی باطنی به مرتبه‌ای می‌رسند که در همین دنیا و به رغم محدودیت‌های آن این دست از مفاهیم لاهوتی قرآن را شهود می‌کنند؛ به عنوان نمونه صدرالمتالهین در تبيين چگونگي برخورد با واژههاي لاهوتي همچون: عرش و كرسي توصيه میكند كه يا باید به ظواهر كتاب و سنت بدون تصرف و تأويل عمل کرد يا در كنار رعايت جوانب ظواهر بسان عارفِ راسخ به تحقيق حقايق و معاني كوشيد.
او آن گاه چنين افروده است: «اگر از دسته افراد نخست هستي… از قرآن به جز پوستههاي آن بهرهای نخواهي داشت، همان گونه كه چهارپا از گندم تنها پوست يعني كاه آن بهره دارد و قرآن غذاي همه مردم با اختلاف اصناف آنان است و بهره آنان به‌اندازه درجاتشان است… و اگر جزء دسته دوم [=عارف راسخ] هستی… براي تو عرفان كشفی يا علم ذوقی برای فهم آيات و روايات حاصل خواهد شد.»