درنگریستن در مواردی که تا کنون به عنوان شبهات قرآنی ارایه شده است، نشان می‌دهد که عموم آنها برخاسته از زمینه‌های مختلف است که اهم آنها عبارتند از: ۱. تفسیر غرض ورزانه از آیات؛ ۲. محدودیت دانش بشر در تحلیل مفاهیم ناسوتی؛ ۳. عدم درک مفاهیم لاهوتی قرآن؛ ۴. خطای مفسران در تفسیر آیات؛ ۵. راهیافت روایات ناصحیح در منابع فریقین؛ ۶. عدم مراجعه به روایات اهل بیت^. اینک به بررسی این موارد می‌پردازیم:
۱. تفسیر غرض ورزانه از آیات
باید اذعان کرد که بخش عمده شبهات پیرامون قرآن ریشه در غرض ورزی داشته و از روی عناد و دشمنی ارایه می‌شود؛ عنادی که به اذعان خود قرآن از آغاز از سوی کافران و ملحدان در برابر این کتاب آسمانی دنبال شد؛ به عنوان نمونه به چند شبهه از این دست که در شماری از کتاب و وبگاه‌ها علیه قرآن ابراز شده است، اشاره می‌کنیم:
شجاع الدین شفا در کتاب تولدی دیگر با استناد به آیه «وَالشَّمْسُ تَجْرِي لِمُسْتَقَرٍّ لَهَا ذَلِكَ تَقْدِيرُ العَزِيزِ العَلِيمِ القَمَرَ قَدَّرْنَاهُ مَنَازِلَ حَتَّى عَادَ كَالعُرْجُونِ القَدِيمِ. لاَ الشَّمْسُ يَنْبَغِي لَهَا أَنْ تُدْرِكَ القَمَرَ وَلاَ اللَّيْلُ سَابِقُ النَّهَارِ وَكُلٌّ فِي فَلَكٍ يَسْبَحُونَ» مدعی است که قرآن همصدا با کتاب مقدس معتقد است که زمین مرکز منظومه شمسی بوده و این خورشید است که به دور زمین می‌گردد!
او نخست گفتار ذیل را از تورات نقل میکند: «آنگاه یوشع گردش خورشید را در آسمان متوقف میکند تا فرصت بیشتری برای تعقیب «اموریان» و کشتن همه آنها داشته باشد:… آنگاه یوشع در روزی که خداوند آموریان را پیش بنی اسرائیل تسلیم کرد، به آفتاب گفت که بر جبعون بایستد، و به ماه نیز گفت که بر وادی ایلون بایستد، پس آفتاب ایستاد و قریب به تمامی روز در فرورفتن تعجیل نکرد، و ماه نیز توقف نمود تا قوم بقیه آموریان را نابود کردند.»
آن گاه چنین افزوده است: «نوشتار پیشگفته در تورات یکی از نوشتارهای کتاب مقدس بود که کلیسای مسیحی سال‌ها با استناد به آنها ادعا میکرد زمین صاف است و مخالفان این حرف را متهم به کفر و ارتداد و در نتیجه به مرگ محکوم میکرد. گالیله با استناد به همین آیه در سال ۱۶۱۶ محکوم شد؛
زیرا ادعا میکرد خورشید حرکت نمی‌کند، بلکه نسبت به منظومه شمسی ثابت است و این زمین است که حرکت میکند، در حالی که تورات، انجیل و قرآن و بسیاری از کتاب‌های مذهبی دیگر که به دست انسان‌هایی که نسبت به کیهان نا آشنا بودند نوشته شده است، با نگاه کردن با ظاهر آسمان فکر می‌کردند این خورشید است که در حال حرکت است نه زمین.
در صحیح بخاری نیز محمد دانش وسیع خود در مورد حرکت خورشید اینگونه برای دوستانش شرح می‌دهد: «از ابوذر روایت شده است: «پیامبر از من پرسید «آیا می‌دانی خورشید به کجا می‌رود (در زمان غروب کردن)؟»، پاسخ دادم «الله و پیامبرش بهتر می‌دانند.» پیامبر فرمود: «خورشید می‌رود و خود را در مقابل تخت الله به زمین می‌زند، و از او اجازه می‌خواهد که دوباره طلوع کند، و الله به او اجازه می‌دهد، و (وقتی فرا خواهد رسید که) اجازه طلوع خواهد خواست اما چنین اجازه‌ای صادر نخواهد شد، خواهد خواست که به دوره حرکت خود ادامه دهد ولی اجازه نخواهد یافت، به او دستور داده خواهد شد که از مغرب طلوع کند و همانا این خواست الله است و خورشید دوره و مدار خود را طی میکند و آن حکمی است که خداوند علیم و متعال برایش قرار داده است.